Alain Kolly a passé un diplôme en science politique à l'Université de Genève. Engagé au Comité international de la Croix-Rouge, il a dirigé des équipes dans des pays en conflit: Rwanda, Afghanistan, Somalie, Kosovo, République démocratique du Congo, Tadjikistan, Sri Lanka, Angola... Il a ensuite été directeur de l'Action sociale à l'Hospice général à Genève avant de prendre la tête des Établissements publics pour l’intégration (EPI) en 2012.